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3、blastx则是将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对，对分析新序列和EST很有用。 4、tblastn将给定的 氨基酸 序列与核酸数据库中的序列（双链）按不同的阅读框进行比对，对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用。
研究生物进化. query对上的东西叫target，我理解的是你想要target的DNA序列。. 那么这个时候你就不需要看xml，用输出格式6然后转成bed，用bedtools直接把你要的DNA从原文件中提出来就完事了。. 编辑于 2017-07-10 05:59. 需要获取在多条DNA序列对蛋白数据库的BLASTx上要到 ...
15 Ιουν 2021 · 这样能发现很多低相似度的序列，但是比对的速度会慢很多（因为比对的数据量大了6倍）。. 计算量大，耗费时间长。. 比对在正常进行中的，等吧. 时间久也正常，用得人多了可能会慢一点。. 外国网站的话可以下个蓝灯，不用升级VIP，外国人文章中的网站，开 ...
Xi Yang. 知乎说我头像太涩了. 用C++重构的那个版本，蛋白比对速度快了好多倍。. 不要直接blastx。. 你既然是mRNA，那么ORF显然只有一个。. 先找出这个，然后直接做blastp。. 不要使用全蛋白的数据库，而是做一些筛选。. 你可以选择：. 只选出mRNA对应目标物种的蛋白。.
目前 diamond 支持的是 蛋白序列库 ，也就是 blastp 和 blastx ，前者查询序列为蛋白序列，后者查询序列为 核酸虚库。. 两者的库序列都是蛋白。. 所以不一定适合你的需求。. 基于问题中“两个序列”的用词，或许考虑使用简单翻译序列，直接使用 needlman wunsh 或者 ...
27 Απρ 2022 · 准备好数据库和需要比对的序列，就可以使用blast的搜索子程序(blastn，blastp,blastx,tblastn和tblastx)进行序列检索。windows和Linux中都能运行。blast使用手册： https://www. ncbi.nlm.nih.gov/books/ NBK279690/ 3.1 使用下载的blast数据库进行序列检索
13 Μαΐ 2020 · LifeScienceMed. 用NCBI进行基因序列比对一般这样做：. 1，选择比对方法：. 2，输入需要进行比对的基因序列：. 3，等待系统进行自动比对：. 4，选择identity较高的比对结果进行查看：. 应该一般流程就是这样，如果有问题希望可以进一步交流讨论。. 发布于 2020-05-13 17 ...
NCBI中BLAST以后，会有一个相似性高低的搜索结果，你可以根据E-score的高低排序，筛选出不同物种的序列。. 具体步骤可参考我的专栏MEGA进化树分析中的一篇详细的教程，里面也有注意事项哈。. 知乎，中文互联网高质量的问答社区和创作者聚集的原创内容平台 ...
7 Αυγ 2023 · 基于BLAST比对进行基因家族鉴定后，可能会得到大量的匹配结果。. 为了进一步筛选和精确鉴定基因家族成员，以下是一些推荐的筛选步骤和方法：. 1.筛选比对结果：. E值: 通常会基于E值进行筛选，选择一个较小的E值阈值可以帮助筛选出高度相似的序列。. 覆盖 ...
14 Μαρ 2020 · 知乎，中文互联网高质量的问答社区和创作者聚集的原创内容平台，于 2011 年 1 月正式上线，以「让人们更好的分享知识、经验和见解，找到自己的解答」为品牌使命。知乎凭借认真、专业、友善的社区氛围、独特的产品机制以及结构化和易获得的优质内容，聚集了中文互联网科技、商业、影视 ...
